慶應義塾大学学術情報リポジトリ(KOARA)KeiO Associated Repository of Academic resources

慶應義塾大学学術情報リポジトリ(KOARA)

ホーム  »»  アイテム一覧  »»  アイテム詳細

アイテム詳細

アイテムタイプ Article
ID
2018000005-20180115  
プレビュー
画像
thumbnail  
キャプション  
本文
2018000005-20180115.pdf
Type :application/pdf Download
Size :123.0 KB
Last updated :Oct 24, 2022
Downloads : 96

Total downloads since Oct 24, 2022 : 96
 
本文公開日
 
タイトル
タイトル 都市環境における微生物群集の多様性とダイナミクス  
カナ トシ カンキョウ ニ オケル ビセイブツ グンシュウ ノ タヨウセイ ト ダイナミクス  
ローマ字 Toshi kankyō ni okeru biseibutsu gunshū no tayōsei to dainamikusu  
別タイトル
名前 Diversity and dynamics of microbial communities in urban environments  
カナ  
ローマ字  
著者
名前 鈴木, 治夫  
カナ スズキ, ハルオ  
ローマ字 Suzuki, Haruo  
所属 慶應義塾大学環境情報学部准教授 (有期)  
所属(翻訳)  
役割 Research team head  
外部リンク  
 
出版地
 
出版者
名前 慶應義塾大学  
カナ ケイオウ ギジュク ダイガク  
ローマ字 Keiō gijuku daigaku  
日付
出版年(from:yyyy) 2019  
出版年(to:yyyy)  
作成日(yyyy-mm-dd)  
更新日(yyyy-mm-dd)  
記録日(yyyy-mm-dd)  
形態
1 pdf  
上位タイトル
名前 学事振興資金研究成果実績報告書  
翻訳  
 
 
2018  
 
開始ページ  
終了ページ  
ISSN
 
ISBN
 
DOI
URI
JaLCDOI
NII論文ID
 
医中誌ID
 
その他ID
 
博士論文情報
学位授与番号  
学位授与年月日  
学位名  
学位授与機関  
抄録
2018年6月21日 Global City Sampling Day (CSD) に、日本の各都市 (仙台、茨城、千葉、東京、静岡、愛知、島根、山口、高知、大分、沖縄など) の建造環境からサンプリングを実施した。ここには、仙台市の地下鉄の駅、研究所や大学(東北大学、東京工業大学、東京農業大学、東京理科大学)のラボやトイレ、新宿や渋谷のライブハウス、山口YCAMの施設などが含まれる。サンプルは、-80℃まで冷却可能な超低温フリーザーに保存した後、ドライアイス梱包にて米国(Weill Cornell Medicine)へ送付した。batch effectを最小化するために、サンプル処理(DNA抽出、ライブラリ調製、シークエンシング)を同一施設で実施する。
都市建造環境のメタゲノム配列データの解析により、薬剤耐性遺伝子の拡散に寄与するプラスミドの分布を明らかにし、微生物群集のライフスタイルの都市間差を推定する。そこで、これまでに報告されているプラスミドと宿主細菌に関連する遺伝子、および公的なリソース(プラスミドのデータベースとバイオインフォマティクス・ツール)に関する総説論文を出版した (Yano et al. 2018)。
また、これまでに建築環境で同定された細菌のゲノムの特徴を解析した (Merino et al., 2019)。細菌が同定された建築環境には、地下鉄、病院、住宅、公共レクリエーション施設(ジム・フィットネスセンター)、クリーンルームなどが含まれる。(細菌の増殖速度を反映する)高発現遺伝子のコドン使用バイアスは、「建築環境の細菌ゲノム」で「他の細菌ゲノム」よりも高い傾向を示したことから、建築環境に生息する細菌のライフスタイルを理解する上でより重要な役割を果たすと考えられる。
これまでに得られた都市建造環境のメタゲノム配列データを用いて、プラスミドとコドン使用バイアスの解析を行い、現在、MetaSUB国際コンソーシアム (http://metasub.org/) のメンバーと共著論文を執筆している。
On June 21, 2018 (Global City Sampling Day http://metasub.org/city-sampling-day/), we collected samples from built environments in several cities in Japan (Sendai, Ibaraki, Chiba, Tokyo, Shizuoka, Aichi, Shimane, Yamaguchi, Kochi, Oita, and Okinawa). They included Sendai subway stations, labs and toilets in research institutes and universities (Tohoku University, Tokyo Institute of Technology, Tokyo University of Agriculture, and Tokyo University of Science), live houses in Shinjuku and Shibuya, and facilities in YCAM Bio Research - Yamaguchi Center for Arts and Media [YCAM] (http://www.ycam.jp/en/ projects/ycam-bio-research/), etc. The samples were at −80°C and then sent to Weill Cornell Medicine using Deep Frozen Shipping by FedEx. In order to reduce any batch effects all consortium sample processing (DNA and RNA Extraction, Library Preparation, and Sequencing using Illumina HiSeq next-generation shotgun sequencing technology) will occur at the same MetaSUB lab.
The shotgun metagenomic sequencing data generated from the project will be used to address the key aims of my study: to identify and track drug resistance plasmids and to predict microbial lifestyles in urban built environments across all the MetaSUB cities. Thus, we summarize current knowledge of genetic elements of plasmids and host bacteria, and publicly available resources, plasmid data, and bioinformatics tools (Yano et al. 2018).
We also investigate genomic features (genome size, GC content, replication strand skew, and codon usage bias) of bacteria commonly identified in the built environment (BE), providing a first step towards understanding these bacterial lifestyles (Merino et al., 2019). The bacterial genera have been commonly identified in BE, ranging from various locations around the world and covering four major BE locations (indoor, outdoor, underground, and extreme), several sub-locations (e.g. hospital, residential, recreation, space, subway, and cleanroom). The strength of codon usage bias of highly expressed genes (S value, reflecting bacterial growth rates) was higher in the "Common BE bacterial genomes" compared to the "Other bacterial genomes." Of the four genomic features tested, the S value could play a more important role in understanding the lifestyles of bacteria living in the BE.
We performed plasmid and codon usage analyses using metagenomic sequence data of urban built environments, and are now writing our manuscript with members of MetaSUB consortium (http://metasub.org/).
 
目次

 
キーワード
 
NDC
 
注記

 
言語
日本語  

英語  
資源タイプ
text  
ジャンル
Research Paper  
著者版フラグ
publisher  
関連DOI
アクセス条件

 
最終更新日
Oct 24, 2022 13:35:17  
作成日
Oct 24, 2022 13:35:17  
所有者
mediacenter
 
更新履歴
Oct 24, 2022    インデックス を変更
 
インデックス
/ Public / 塾内助成報告書 / 学事振興資金研究成果実績報告書 / 2018年度
 
関連アイテム
 

ランキング

最も多く閲覧されたアイテム
1位 文化資本概念の現... (1676) 1st
2位 731部隊と細菌戦 ... (453)
3位 新自由主義に抗す... (389)
4位 In-vivo kinemati... (324)
5位 石垣島の「エコツ... (268)

最も多くダウンロードされたアイテム
1位 アセトアニリドの... (964) 1st
2位 文化資本概念の現... (636)
3位 酢酸エステル類の... (618)
4位 興味が引き起こさ... (501)
5位 インフルエンサー... (500)

LINK

慶應義塾ホームページへ
慶應義塾大学メディアセンターデジタルコレクション
慶應義塾大学メディアセンター本部
慶應義塾研究者情報データベース