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KAKEN_23241066seika  
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タイトル
タイトル 発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析  
カナ ハツガン ゲノム ニ オケル ヒコード RNA ノ モウラテキ キノウ カイセキ  
ローマ字 Hatsugan genomu ni okeru hikodo RNA no morateki kino kaiseki  
別タイトル
名前 Comprehensive analysis of functional non-coding RNAs in cancer genome on multistage carcinogenesis  
カナ  
ローマ字  
著者
名前 榊原, 康文  
カナ サカキバラ, ヤスブミ  
ローマ字 Sakakibara, Yasubumi  
所属 慶應義塾大学・理工学部・教授  
所属(翻訳)  
役割 Research team head  
外部リンク 科研費研究者番号 : 10287427

名前 若林, 雄一  
カナ ワカバヤシ, ユウイチ  
ローマ字 Wakabayashi, Yuichi  
所属 千葉県がんセンター・実験動物室・室長  
所属(翻訳)  
役割 Research team member  
外部リンク 科研費研究者番号 : 40303119

名前 佐藤, 健吾  
カナ サトウ, ケンゴ  
ローマ字 Sato, Kengo  
所属 慶應義塾大学・理工学部・講師  
所属(翻訳)  
役割 Research team member  
外部リンク 科研費研究者番号 : 20365472
Publisher  
出版地
 
出版者
名前  
カナ  
ローマ字  
日付
出版年(from:yyyy) 2015  
出版年(to:yyyy)  
作成日(yyyy-mm-dd)  
更新日(yyyy-mm-dd)  
記録日(yyyy-mm-dd)  
形態
1 pdf  
上位タイトル
名前 科学研究費補助金研究成果報告書  
翻訳  
 
 
2014  
 
開始ページ  
終了ページ  
ISSN
 
ISBN
 
DOI
URI
 
JaLCDOI
NII論文ID
 
医中誌ID
 
その他ID
 
博士論文情報
学位授与番号  
学位授与年月日  
学位名  
学位授与機関  
抄録
機能性RNAをプロセシングパターンで分類する手法を, マッピング形状を解析するソフトウェアSHARAKUにグラフ理論的な手法を組合せることで開発した。本手法をマウス発がん実験で採取した腫瘍サンプルから次世代シークエンスにより得られたデータに適用することにより, 多段階発がん過程でステージ特異的にプロセシングを受けて導出されるsmall derived RNAの網羅的な解析を世界に先駆けて行うことができた。タンパク質RNAの相互作用における残基塩基間のコンタクト予測を行うプログラムを開発した。発がん遺伝子発現解析の結果をMeis1遺伝子のコンデイショナルノックアウトマウスを用いて検証実験を行った。
First, we developed a method for classifying functional RNA combined graph theoretic approach with the software SHARAKU to calculate the mapping shape similarity for processing patterns. The proposed method was applied to the sequence data obtained by the next-generation sequencing for the tumor samples taken in the mouse carcinogenicity experiment, and comprehensive analysis of small derived RNA processed specifically at each stage in multistage carcinogenesis was carried out. Second, we developed a prediction program for protein-RNA interactions. We succeeded in developing a technique for contact prediction between residues-bases. Third, it was carried out verification experiments using transcriptome analysis of carcinogenicity for Meis1 gene of conditional knockout mouse.
 
目次

 
キーワード
発がん  

非コードRNA  

遺伝子発現解析  

次世代シークエンサー  

腫瘍  

マウス  
NDC
 
注記
研究種目 : 基盤研究(A)
研究期間 : 2011~2014
課題番号 : 23241066
研究分野 : 生命情報科学
 
言語
日本語  

英語  
資源タイプ
text  
ジャンル
Research Paper  
著者版フラグ
 
本文URI
 
アクセス条件

 
最終更新日
Oct 31, 2016 10:30:03  
作成日
Apr 08, 2016 16:56:01  
所有者
mediacenter
 
更新履歴
May 17, 2016    概要, フリーキーワード, 抄録, 著者 を変更
Oct 31, 2016    Modified; Title Kana.
 
インデックス
/ Public / 科学研究費補助金研究成果報告書 / 2014年度 / 日本学術振興会
 
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