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KAKEN_19K16112seika  
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本文公開日
 
タイトル
タイトル 遺伝子数増大に耐える高精度遺伝子制御ネットワーク推定法の提案  
カナ イデンシスウ ゾウダイ ニ タエル コウセイド イデンシ セイギョ ネットワーク スイテイホウ ノ テイアン  
ローマ字 Idenshisū zōdai ni taeru kōseido idenshi seigyo nettowāku suiteihō no teian  
別タイトル
名前 Development of a highly accurate method for inferring gene regulatory networks that can withstand an increase in the number of genes  
カナ  
ローマ字  
著者
名前 山田, 貴大  
カナ ヤマダ, タカヒロ  
ローマ字 Yamada, Takahiro  
所属 慶應義塾大学・理工学部 (矢上) ・助教  
所属(翻訳)  
役割 Research team head  
外部リンク 科研費研究者番号 : 20837736

名前 舟橋, 啓  
カナ フナハシ, アキラ  
ローマ字 Funahashi, Akira  
所属 慶應義塾大学・理工学部・准教授  
所属(翻訳)  
役割 Collaborator  
外部リンク 科研費研究者番号 : 70324548

名前 比企, 佑介  
カナ ヒキ, ユウスケ  
ローマ字 Hiki, Yūsuke  
所属 慶應義塾大学・理工学部・修士課程学生  
所属(翻訳)  
役割 Collaborator  
外部リンク  

名前 牧野, 荘太  
カナ マキノ, ソウタ  
ローマ字 Makino, Sōta  
所属 慶應義塾大学・理工学部・修士課程学生  
所属(翻訳)  
役割 Collaborator  
外部リンク  
 
出版地
 
出版者
名前  
カナ  
ローマ字  
日付
出版年(from:yyyy) 2021  
出版年(to:yyyy)  
作成日(yyyy-mm-dd)  
更新日(yyyy-mm-dd)  
記録日(yyyy-mm-dd)  
形態
1 pdf  
上位タイトル
名前 科学研究費補助金研究成果報告書  
翻訳  
 
 
2020  
 
開始ページ  
終了ページ  
ISSN
 
ISBN
 
DOI
URI
JaLCDOI
NII論文ID
 
医中誌ID
 
その他ID
 
博士論文情報
学位授与番号  
学位授与年月日  
学位名  
学位授与機関  
抄録
遺伝子発現量を網羅的に測定可能なRNA-seq技術の発展に伴い、様々な生命現象と遺伝子の間の関係性を明らかにする研究が行われてきた。これまでに時系列の遺伝子発現量から遺伝子間の制御関係を推定するネットワーク推定手法が提案されてきたが、従来手法では遺伝子制御ネットワークに見られるスパース性を考慮しないため偽陽性を多数検出するという問題が存在した。
そこで本研究では、スパース性を考慮したネットワーク推定手法を数理的に構築し、偽陽性を抑えたネットワーク推定手法の定式化を目指した。
その結果、スパースなネットワークの推定には成功したものの、発現変動が大きな遺伝子に起因する偽陽性の抑制には到れなかった。
With the development of RNA-seq technology, which enables the comprehensive measurement of gene expression levels, research has been conducted to elucidate the relationships between genes and various biological phenomena. However, the conventional methods do not take into account the sparsity of gene regulatory networks, which results in the detection of many false positives.
In this study, a network inference method that takes sparsity into account was mathematically constructed and aimed to formulate a network inference method to suppress false positives. As a result, inferring a sparse network was succeeded, but it was failed to suppress false positives caused by genes with large expression variation.
 
目次

 
キーワード
遺伝子制御ネットワーク  

ネットワーク推定  

L1正則化  

Omicsデータ解析  
NDC
 
注記
研究種目 : 若手研究
研究期間 : 2019~2020
課題番号 : 19K16112
研究分野 : システム生物学
 
言語
日本語  

英語  
資源タイプ
text  
ジャンル
Research Paper  
著者版フラグ
publisher  
関連DOI
アクセス条件

 
最終更新日
Apr 19, 2024 13:50:50  
作成日
May 17, 2022 13:23:33  
所有者
mediacenter
 
更新履歴
May 17, 2022    インデックス を変更
Nov 14, 2022    著者 名前,著者 カナ,著者 ローマ字,著者 所属,著者 所属(翻訳),著者 役割,著者 外部リンク,著者 著者ID,抄録 内容,注記 注記 を変更
Apr 19, 2024    著者 を変更
 
インデックス
/ Public / 科学研究費補助金研究成果報告書 / 2020年度 / 日本学術振興会
 
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