| アイテムタイプ |
Article |
| ID |
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| プレビュー |
| 画像 |
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| キャプション |
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| 本文 |
KAKEN_25330348seika.pdf
| Type |
:application/pdf |
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| Last updated |
:Sep 21, 2017 |
| Downloads |
: 427 |
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| 本文公開日 |
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| タイトル |
| タイトル |
高次構造を考慮した超高速RNA構造アラインメント
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| カナ |
コウジ コウゾウ オ コウリョシタ チョウコウソク RNA コウゾウ アラインメント
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| ローマ字 |
Koji kozo o koryoshita chokosoku RNA kozo arainmento
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| 別タイトル |
| 名前 |
Ultra-fast RNA structural alignments with pseudoknots
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| カナ |
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| ローマ字 |
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| 著者 |
| 名前 |
佐藤, 健吾
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| カナ |
サトウ, ケンゴ
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| ローマ字 |
Sato, Kengo
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| 所属 |
慶應義塾大学・理工学部・講師
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| 所属(翻訳) |
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| 役割 |
Research team head
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| 外部リンク |
科研費研究者番号 : 20365472
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| 版 |
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| 出版地 |
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| 出版者 |
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| 日付 |
| 出版年(from:yyyy) |
2017
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| 出版年(to:yyyy) |
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| 作成日(yyyy-mm-dd) |
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| 更新日(yyyy-mm-dd) |
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| 記録日(yyyy-mm-dd) |
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| 形態 |
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| 上位タイトル |
| 名前 |
科学研究費補助金研究成果報告書
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| 翻訳 |
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| 巻 |
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| 号 |
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| 年 |
2016
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| 月 |
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| 開始ページ |
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| 終了ページ |
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| ISSN |
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| ISBN |
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| DOI |
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| URI |
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| JaLCDOI |
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| NII論文ID |
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| 医中誌ID |
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| その他ID |
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| 博士論文情報 |
| 学位授与番号 |
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| 学位授与年月日 |
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| 学位名 |
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| 学位授与機関 |
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| 抄録 |
RNA構造アラインメントは古くから研究されているにも関わらず, 未だに計算量が大きいという問題がある。このため, 長鎖非コードRNAやRNAウィルスのような比較的長いRNA配列に関しては, 「配列を比べる」という基本的な解析すら厳密手法では満足に行えない状況である。本研究では, 期待精度最大化と双対分解に基づく革新的なアルゴリズムにより, シュードノットなどの複雑な高次構造を考慮したRNA構造アラインメントを高速かつ高精度に計算する手法を開発した。
Despite the fact that RNA structural alignments have been studied for a long time, there is still a problem that the computational complexity is still large. For this reason, we cannot perform even a basic analysis of "comparing sequences" by exact methods for relatively long RNA sequences such as long non-coding RNAs and RNA viruses. In this research, we developed a fast and accurate method of calculating RNA structural alignments with consideration of complicated higher order structures such as pseudoknots by a novel algorithm based on maximizing the expected accuracy and the dual decomposition.
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| 目次 |
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| キーワード |
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| NDC |
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| 注記 |
研究種目 : 基盤研究(C)(一般)
研究期間 : 2013～2016
課題番号 : 25330348
研究分野 : バイオインフォマティクス
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| 言語 |
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| 資源タイプ |
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| ジャンル |
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| 著者版フラグ |
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| 関連DOI |
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| アクセス条件 |
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| 最終更新日 |
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| 関連アイテム |
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