真核生物の代謝は, 生物の生理機能に大きな影響を与える動的なプロセスである。我々はその主要なシステムについて多くの理解を得られているが, 生理機能への影響の全体像は, 未解決の問題である。この研究では特に, 我々は計算及び経路フラックスの推定に焦点を置き, 細胞呼吸と生体エネルギーが代謝に与える影響への理解に向けた実験手法, バイオインフォマティクスのパイプラインや計算ツールを開発。またパン酵母の連続培養システムにこれらを適用し, ヌクレオチド生合成や脂質, 炭酸同化の広範な動員が高呼吸状態間に起こることなどを明らかにした。現在, 我々はこれらのデータの検証および統合を進めており, まもなく公有となる予定である。
Eukaryotic metabolism is a complex and highly dynamic process that can have a huge impact on the physiology of the organism. While we understand much about the major systems in metabolism a holistic view of how metabolic events impact metabolism remain elusive. In this project we developed experimental protocols, bioinformatic pipelines and computational tools to assist our understanding of how cellular respiration and bioenergetics influence metabolism. In particular, we concentrated on the the calculation and estimation of pathway fluxes. We applied these methods to precisely controlled continuous cultures of bakers' yeast to reveal nucleotide biosynthesis, large-scale mobilisation of lipids and carbon dioxide assimilation occurs during high respiration states. Currently, we are validating and integrating these data and plan to publish our findings in the public domain soon.
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