| Item Type |
Article |
| ID |
|
| Preview |
| Image |
|
| Caption |
|
|
| Full text |
KAKEN_23241066seika.pdf
| Type |
:application/pdf |
Download
|
| Size |
:151.0 KB
|
| Last updated |
:Apr 8, 2016 |
| Downloads |
: 449 |
Total downloads since Apr 8, 2016 : 449
|
|
| Release Date |
|
| Title |
| Title |
発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析
|
| Kana |
ハツガン ゲノム ニ オケル ヒコード RNA ノ モウラテキ キノウ カイセキ
|
| Romanization |
Hatsugan genomu ni okeru hikodo RNA no morateki kino kaiseki
|
|
| Other Title |
| Title |
Comprehensive analysis of functional non-coding RNAs in cancer genome on multistage carcinogenesis
|
| Kana |
|
| Romanization |
|
|
| Creator |
| Name |
榊原, 康文
 |
| Kana |
サカキバラ, ヤスブミ
|
| Romanization |
Sakakibara, Yasubumi
|
| Affiliation |
慶應義塾大学・理工学部・教授
|
| Affiliation (Translated) |
|
| Role |
Research team head
|
| Link |
科研費研究者番号 : 10287427
|
| Name |
若林, 雄一
|
| Kana |
ワカバヤシ, ユウイチ
|
| Romanization |
Wakabayashi, Yuichi
|
| Affiliation |
千葉県がんセンター・実験動物室・室長
|
| Affiliation (Translated) |
|
| Role |
Research team member
|
| Link |
科研費研究者番号 : 40303119
|
| Name |
佐藤, 健吾
|
| Kana |
サトウ, ケンゴ
|
| Romanization |
Sato, Kengo
|
| Affiliation |
慶應義塾大学・理工学部・講師
|
| Affiliation (Translated) |
|
| Role |
Research team member
|
| Link |
科研費研究者番号 : 20365472
|
|
| Edition |
|
| Place |
|
| Publisher |
|
| Date |
| Issued (from:yyyy) |
2015
|
| Issued (to:yyyy) |
|
| Created (yyyy-mm-dd) |
|
| Updated (yyyy-mm-dd) |
|
| Captured (yyyy-mm-dd) |
|
|
| Physical description |
|
| Source Title |
| Name |
科学研究費補助金研究成果報告書
|
| Name (Translated) |
|
| Volume |
|
| Issue |
|
| Year |
2014
|
| Month |
|
| Start page |
|
| End page |
|
|
| ISSN |
|
| ISBN |
|
| DOI |
|
| URI |
|
| JaLCDOI |
|
| NII Article ID |
|
| Ichushi ID |
|
| Other ID |
|
| Doctoral dissertation |
| Dissertation Number |
|
| Date of granted |
|
| Degree name |
|
| Degree grantor |
|
|
| Abstract |
機能性RNAをプロセシングパターンで分類する手法を, マッピング形状を解析するソフトウェアSHARAKUにグラフ理論的な手法を組合せることで開発した。本手法をマウス発がん実験で採取した腫瘍サンプルから次世代シークエンスにより得られたデータに適用することにより, 多段階発がん過程でステージ特異的にプロセシングを受けて導出されるsmall derived RNAの網羅的な解析を世界に先駆けて行うことができた。タンパク質RNAの相互作用における残基塩基間のコンタクト予測を行うプログラムを開発した。発がん遺伝子発現解析の結果をMeis1遺伝子のコンデイショナルノックアウトマウスを用いて検証実験を行った。
First, we developed a method for classifying functional RNA combined graph theoretic approach with the software SHARAKU to calculate the mapping shape similarity for processing patterns. The proposed method was applied to the sequence data obtained by the next-generation sequencing for the tumor samples taken in the mouse carcinogenicity experiment, and comprehensive analysis of small derived RNA processed specifically at each stage in multistage carcinogenesis was carried out. Second, we developed a prediction program for protein-RNA interactions. We succeeded in developing a technique for contact prediction between residues-bases. Third, it was carried out verification experiments using transcriptome analysis of carcinogenicity for Meis1 gene of conditional knockout mouse.
|
|
| Table of contents |
|
| Keyword |
|
| NDC |
|
| Note |
研究種目 : 基盤研究(A)
研究期間 : 2011～2014
課題番号 : 23241066
研究分野 : 生命情報科学
|
|
| Language |
|
| Type of resource |
|
| Genre |
|
| Text version |
|
| Related DOI |
|
| Access conditions |
|
| Last modified date |
|
| Creation date |
|
| Registerd by |
|
| History |
| May 17, 2016 | | 概要, フリーキーワード, 抄録, 著者 を変更 |
| Oct 31, 2016 | | Modified; Title Kana. |
|
|
| Index |
|
| Related to |
|
