本研究は，骨軟部腫瘍の患者を対象に，リキッドバイオプシー，特に血液中の循環DNA（cfDNA）を用いた病勢モニタリングの実用化を目指し，その基盤となるような解析を行っています．具体的には、以下の2点を目的としています。
① 骨軟部腫瘍患者において腫瘍組織検体とリキッドバイオプシー検体を併用し、多層的オミクス解析を行うことで、両者の相関を明らかにすること
② リキッドバイオプシーを用いた骨軟部腫瘍の腫瘍動態の継続的なモニタリング、微小転移の可視化を実現すること
まず，cfDNA濃度と病勢変化（治療前後，再発の前後）との関連を解析すべく，悪性骨軟部腫瘍の患者さんの同意の下，研究用採血を行い，検体の収集を行いました．今後，腫瘍組織とctDNAから検出される遺伝子変異，コピー数変異等の相関の解析を行う予定であることから，研究の効率化を考え，進行期の患者さんで，病状の変化のタイミングを考慮しながら複数回，縦断的に血液検体の収集を行いました．並行して、腫瘍組織のエクソン解析、RNAseq解析も行い、原発巣のゲノム解析を行いました。現在は，得られた検体から核酸を抽出し，cfDNA濃度を測定してゲノム解析をしています．臨床情報（画像情報，治療の詳細）と併せて解析することで，cfDNA濃度と骨軟部腫瘍の病勢の変化との関連を明らかにしたいと考えています．
2023年度のアウトプットとしては、日本整形外科学会総会、日本整形外科学会骨軟部腫瘍学術集会にて、本研究の成果も踏まえて、骨軟部腫瘍におけるゲノム解析の有用性について発表しました。
This study aims to provide the basis for the practical application of liquid biopsy, in particular disease monitoring using circulating DNA (cfDNA) in blood, in patients with bone and soft tissue tumors. Two specific objectives are as follows;
(i) Multilayer omics analysis to investigate the correlation between tumor tissue samples and liquid biopsy samples.
(ii) Continuous monitoring of tumor dynamics and visualization of micrometastases using liquid biopsy
With the consent of patients with malignant bone and soft tissue tumors, blood samples and specimens have been collected for research purposes. To analyze the association between cfDNA concentrations and changes in disease status (before and after treatment or recurrence), the samples were collected longitudinally multiple times mainly from patients with advanced disease. Currently, nucleic acids are being extracted from the obtained specimens and the cfDNA concentration is being measured for genomic analysis. With clinical data (imaging information, treatment details), we hope to show the relationship between cfDNA concentration and changes in the disease status of bone and soft tissue tumors.
Outputs in FY2023 included a presentation on the usefulness of genomic analysis in bone and soft tissue tumors, based on the results of this study, at the Annual Meeting of the Japanese Orthopaedic Association and the Annual Musculoskeletal Tumor Meeting of the Japanese Orthopaedic Association.