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0302-0000-0662  
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本文公開日
 
タイトル
タイトル Comparative genomics of bacterial sequence elements associated with chromosome structure  
カナ  
ローマ字  
別タイトル
名前 バクテリアゲノムにおける染色体構造関連配列の比較解析  
カナ バクテリア ゲノム ニ オケル センショクタイ コウゾウ カンレン ハイレツ ノ ヒカク カイセキ  
ローマ字 Bakuteria genomu ni okeru senshokutai kozo kanren hairetsu no hikaku kaiseki  
著者
名前 河野, 暢明  
カナ コウノ, ノブアキ  
ローマ字 Kono, Nobuaki  
所属 慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科博士課程  
所属(翻訳)  
役割 Author  
外部リンク  

名前 冨田, 勝  
カナ トミタ, マサル  
ローマ字 Tomita, Masaru  
所属 慶應義塾大学環境情報学部教授  
所属(翻訳)  
役割 Thesis advisor  
外部リンク  
 
出版地
藤沢  
出版者
名前 慶應義塾大学湘南藤沢学会  
カナ ケイオウ ギジュク ダイガク ショウナン フジサワ ガッカイ  
ローマ字 keio gijuku daigaku shonan fujisawa gakkai  
日付
出版年(from:yyyy) 2012-04  
出版年(to:yyyy)  
作成日(yyyy-mm-dd)  
更新日(yyyy-mm-dd)  
記録日(yyyy-mm-dd)  
形態
x, 114 p. ; 30 cm.  
上位タイトル
名前 博士論文  
翻訳  
 
 
 
 
開始ページ  
終了ページ  
ISSN
 
ISBN
9784877622572  
DOI
URI
JaLCDOI
NII論文ID
 
医中誌ID
 
その他ID
SFC-DT2012-001  

請求記号: 090@KE1@592  
博士論文情報
学位授与番号  
学位授与年月日  
学位名  
学位授与機関  
抄録
The structural characteristics and properties that have been observed in various circular bacterial chromosomes have become increasingly clear based on the decipherment of the complete genome sequences of approximately three thousand bacteria. A consideration of chromosome structure includes various symmetries at many scales, ranging from base composition to the gene strand bias, which are based on the replication origin and a terminal axis, and the supercoiling involved in the nucleoid structure. In this study, I focused on the chromosome structure and attempted to shed light on the mechanisms related to the formation and preservation of the chromosomes. First, I performed a comprehensive prediction of replication termination sites based on sequence, and I determined that the sequence is widely conserved in almost all bacteria. Based on this result, I proposed a model of replication termination from the standpoint of bioinformatics. The use of this newly defined symmetric structure made it possible to investigate how strongly symmetric structures have been maintained, and I analyzed the relationship between symmetric structures and insertion events. Furthermore, I found that the association of nucleoid binding sites with protein was controlled by cod on usage in the host bacterial genomes. Finally, I designed and implemented a versatile browser to facilitate the visualization of symmetric structures that cannot be fully captured by purely numeric information, allowing an intuitive grasp of these structures. Throughout this dissertation, I performed comprehensive analyses of the genomic functionality, characteristics, and structural evolution of bacterial chromosome, which serves as a medium of living systems. Based on these analyses, I discuss the means by which chromosome composition and structure have adapted to biological mechanisms in the course of evolution.
 
目次

 
キーワード
Bacterial circular chromosome  

Genome replication  

Genomic/chromosomal structure  

Nucleoid  

Bioinformatics  

Comparative genomics  
NDC
 
注記
先端生命科学プロジェクト 冨田勝研究会2011年度
 
言語
英語  
資源タイプ
text  
ジャンル
Thesis or Dissertation  
著者版フラグ
publisher  
関連DOI
アクセス条件

 
最終更新日
Aug 02, 2019 10:44:43  
作成日
Mar 11, 2013 09:00:00  
所有者
mediacenter
 
更新履歴
Jun 5, 2013    フリーキーワード, インデックス, キーワード, その他 を変更
Nov 7, 2018    形態,ISSN,ISBN を変更
Aug 2, 2019    著者 を変更
 
インデックス
/ Public / 湘南藤沢 / 博士論文 / 2012
 
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