Item Type |
Article |
ID |
|
Preview |
Image |
|
Caption |
|
|
Full text |
KAKEN_25330348seika.pdf
Type |
:application/pdf |
Download
|
Size |
:166.3 KB
|
Last updated |
:Sep 21, 2017 |
Downloads |
: 292 |
Total downloads since Sep 21, 2017 : 292
|
|
Release Date |
|
Title |
Title |
高次構造を考慮した超高速RNA構造アラインメント
|
Kana |
コウジ コウゾウ オ コウリョシタ チョウコウソク RNA コウゾウ アラインメント
|
Romanization |
Koji kozo o koryoshita chokosoku RNA kozo arainmento
|
|
Other Title |
Title |
Ultra-fast RNA structural alignments with pseudoknots
|
Kana |
|
Romanization |
|
|
Creator |
Name |
佐藤, 健吾
|
Kana |
サトウ, ケンゴ
|
Romanization |
Sato, Kengo
|
Affiliation |
慶應義塾大学・理工学部・講師
|
Affiliation (Translated) |
|
Role |
Research team head
|
Link |
科研費研究者番号 : 20365472
|
|
Edition |
|
Place |
|
Publisher |
|
Date |
Issued (from:yyyy) |
2017
|
Issued (to:yyyy) |
|
Created (yyyy-mm-dd) |
|
Updated (yyyy-mm-dd) |
|
Captured (yyyy-mm-dd) |
|
|
Physical description |
|
Source Title |
Name |
科学研究費補助金研究成果報告書
|
Name (Translated) |
|
Volume |
|
Issue |
|
Year |
2016
|
Month |
|
Start page |
|
End page |
|
|
ISSN |
|
ISBN |
|
DOI |
|
URI |
|
JaLCDOI |
|
NII Article ID |
|
Ichushi ID |
|
Other ID |
|
Doctoral dissertation |
Dissertation Number |
|
Date of granted |
|
Degree name |
|
Degree grantor |
|
|
Abstract |
RNA構造アラインメントは古くから研究されているにも関わらず, 未だに計算量が大きいという問題がある。このため, 長鎖非コードRNAやRNAウィルスのような比較的長いRNA配列に関しては, 「配列を比べる」という基本的な解析すら厳密手法では満足に行えない状況である。本研究では, 期待精度最大化と双対分解に基づく革新的なアルゴリズムにより, シュードノットなどの複雑な高次構造を考慮したRNA構造アラインメントを高速かつ高精度に計算する手法を開発した。
Despite the fact that RNA structural alignments have been studied for a long time, there is still a problem that the computational complexity is still large. For this reason, we cannot perform even a basic analysis of "comparing sequences" by exact methods for relatively long RNA sequences such as long non-coding RNAs and RNA viruses. In this research, we developed a fast and accurate method of calculating RNA structural alignments with consideration of complicated higher order structures such as pseudoknots by a novel algorithm based on maximizing the expected accuracy and the dual decomposition.
|
|
Table of contents |
|
Keyword |
|
NDC |
|
Note |
研究種目 : 基盤研究(C)(一般)
研究期間 : 2013~2016
課題番号 : 25330348
研究分野 : バイオインフォマティクス
|
|
Language |
|
Type of resource |
|
Genre |
|
Text version |
|
Related DOI |
|
Access conditions |
|
Last modified date |
|
Creation date |
|
Registerd by |
|
History |
|
Index |
|
Related to |
|