慶應義塾大学学術情報リポジトリ(KOARA)KeiO Associated Repository of Academic resources

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2017000001-20170084  
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本文公開日
 
タイトル
タイトル 長鎖非コードRNAの二次構造変異がもたらす発がん過程のシステム的解析  
カナ チョウサ ヒコード RNA ノ ニジ コウゾウ ヘンイ ガ モタラス ハツガン カテイ ノ システムテキ カイセキ  
ローマ字 Chōsa hikōdo RNA no niji kōzō hen'i ga motarasu hatsugan katei no shisutemuteki kaiseki  
別タイトル
名前 Systematic analysis of structural changes of long non-coding RNAs in cancer genomes  
カナ  
ローマ字  
著者
名前 佐藤, 健吾  
カナ サトウ, ケンゴ  
ローマ字 Sato, Kengo  
所属 慶應義塾大学理工学部専任講師  
所属(翻訳)  
役割 Research team head  
外部リンク  
 
出版地
 
出版者
名前 慶應義塾大学  
カナ ケイオウ ギジュク ダイガク  
ローマ字 Keiō gijuku daigaku  
日付
出版年(from:yyyy) 2018  
出版年(to:yyyy)  
作成日(yyyy-mm-dd)  
更新日(yyyy-mm-dd)  
記録日(yyyy-mm-dd)  
形態
1 pdf  
上位タイトル
名前 学事振興資金研究成果実績報告書  
翻訳  
 
 
2017  
 
開始ページ  
終了ページ  
ISSN
 
ISBN
 
DOI
URI
JaLCDOI
NII論文ID
 
医中誌ID
 
その他ID
 
博士論文情報
学位授与番号  
学位授与年月日  
学位名  
学位授与機関  
抄録
RNAは配列依存的に塩基対を組むことによって安定した二次構造を形成する。RNA二次構造は遺伝子発現の制御などのRNAの機能と相関があることが知られているため, 一塩基変異に伴ってRNAの二次構造が変化すると機能を失い, がんなどの様々な疾患につながると考えられる。一方, シークエンシング技術の発展に伴い, がんゲノムに蓄積した体細胞変異の情報を網羅的に取得することが可能となった。がんゲノムには, 様々な原因によって生じた変異が混合した状態にあるが, 特定の原因とその原因によって生じた変異のパターンには相関があることが知られている。そのため, ある腫瘍のがんゲノムに含まれる特徴的な変異のパターンやそれらの複合体として定義される変異シグネチャーを見出すことにより, 変異の原因を推察することや未知の変異原を特定することにつながると考えられている。しかし, 同一の変異パターンであっても必ずしも構造変化を起こすとは限らないため, 先行研究で行われている配列に基づく変異解析では, 二次構造変化に関する特徴を取り出すことができなかった。本研究では, RNA二次構造変化を変異パターンのように用いることでがん細胞における構造変化のシグネチャーを特定する手法開発を目的とする。
本研究では, Genomic Data Commons(GDC)のデータポータルから取得したがんゲノムに生じた変異のデータを用いて, 一塩基変異に起因して二次構造が変化するエレメントであるRiboSNitchの検出を行なった。先行研究で行われている変異解析に則った方法で解析するためには構造変化パターンを離散化する必要がある。そのため, 検出したRiboSNitchに対し,クラスタリングすることによって二次構造変化を構造変化パターンに分類した。決定された構造変化パターンを既存の変異解析で用いられている変異パターンの代わりに用い, 構造変化シグネチャーを特定した。
An RNA sequence forms a stable secondary structure by base pairing in a sequence-dependent manner. Since RNA secondary structures are known to be correlated with their functions such as regulation of gene expression, the change of RNA secondary structure caused by a single base variation, so-called RiboSNitch, is considered to lead loss of their functions, resulting in disease such as cancer. On the other hand, with the development of sequencing technology, it became possible to comprehensively acquire information on somatic mutations accumulated in the cancer genome. The cancer genome is the mixture of mutations caused by various reasons. It is known that there is a correlation between the specific causes of the mutations and the mutation patterns in the cancer genome. Therefore, the analysis of the mutational signature that characterizes the mutation patterns enables us to infer the cause of mutations and identify unknown mutagens. However, we cannot analyze RiboSNitch that might be a cause of cancer by the traditional mutational signature that is based only on the sequence analysis. The aim of this project is to develop an algorithm for analyzing the mutational signature that causes the change of RNA secondary structures.
We downloaded single nucleotide variations occurred in various cancer genomes from Genomic Data Commons (GDC). Then, RiboSNitches, sequences that change their secondary structures caused by the single nucleotide variations, were identified. We performed the cluster analysis on all secondary structures of identified RiboSNitches. We constructed the observation matrix by classifying all RiboSNitches into the clusters. Finally, as do in the traditional mutational signature analysis, the non-negative matrix factorization (NMF) factorized the observation matrix into the structural change patterns and their occurrence matrix.
 
目次

 
キーワード
 
NDC
 
注記

 
言語
日本語  

英語  
資源タイプ
text  
ジャンル
Research Paper  
著者版フラグ
publisher  
関連DOI
アクセス条件

 
最終更新日
Feb 21, 2019 13:10:00  
作成日
Feb 21, 2019 13:10:00  
所有者
mediacenter
 
更新履歴
Feb 21, 2019    インデックス を変更
 
インデックス
/ Public / 塾内助成報告書 / 学事振興資金研究成果実績報告書 / 2017年度
 
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